Com a derrota de Xehanort Heartless (Ansem) e Xemnas o verdadeiro Xehanort retornará. Yen Sid sabe onde está o coração de Ventus e decidiu salvar os três (Ven, Terra, Aqua), só que ele teme que Xehanort venha acompanhado de outros Mestres da Keyblade. Sora e Riku precisam ser treinados para receber a marca do mestre.Mas tem um problema, sora e riku são muito velhos para ser treinados, com uma magia Yen Sid trá de volta a infância de Sora e Riku. Eles tem que passar pelos mundos e pelos testes que eles apresentarem para se tornarem verdadeiros mestres e derrotar Xehanort. Tetsuya Nomura (criador) diz que resposta sobre o kh3 seram reveladas nesse emocionante game para a plataforma 3DS.
